和智物联研发的三甲医院科研管理系统，以医院实际的工作流程为开发依据，可以通过多种方式配合审计工作，以确保科研经费的合理使用和规范管理。

以下是一些具体的配合措施：

1. 数据集成与共享：

系统能够集成各类科研数据，包括课题信息、经费使用、成果产出、课题结题等，并与审计部门共享这些数据，以便审计人员能够及时获取所需信息进行审计工作。

2. 流程规范化：

系统支持科研管理的各个环节，如课题申报、审批、结题等，都有明确的流程和规范，这样有助于审计人员了解科研活动的全过程，发现潜在的问题和风险点。

3. 内部控制机制：

建立了完善的内部控制机制，科研管理系统应能够记录每一步操作的详细信息，包括操作人员、时间、内容等，以便于审计时追溯和核查。

4. 预算与实际支出对比：

系统能够实时监控科研项目的预算与实际支出，及时发现超支或者不合理支出的情况，为审计提供依据。

5. 审计报告生成：

系统具备生成审计报告的功能，能够根据审计结果自动生成报告，提高审计效率。

6. 异常监测与报警：

系统具备异常监测功能，对于不符合规定或者存在风险的操作，系统能够自动提醒，并按规定规范做出操作引导。

7. 用户权限管理：

只有授权的审计人员才能访问敏感数据和进行审计操作，可以保护信息安全。

8. 持续优化：

根据审计发现的问题，不断完善和优化科研管理系统的功能，提高科研管理的规范性和透明度。

9. 法规遵循：

系统的设计和运行符合相关法律法规和行业标准，辅助顺利通过外部审计。

10. 审计跟踪记录：

系统可以记录审计活动的历史，包括审计时间、对象、结果等，便于未来的审计工作可以参照历史记录进行。

11. 反馈机制：

建立了一个有效的反馈机制，使得科研人员和审计人员可以就系统中发现的问题进行交流，及时解决问题。

12. 技术支持：

提供了专业的技术支持团队，可以帮助解决在科研管理和审计过程中遇到的技术问题。

通过上述措施，和智物联的科研管理系统可以更好地配合内外部审计工作，提高科研经费的使用效率和管理的透明度，同时也有助于提升医院整体的科研管理水平。